En application de l'article 1447 du Code général des impôts la cotisation foncière des entreprises (CFE) est due chaque année par les personnes physiques ou morales, les sociétés non dotées de la personnalité morale ou les fiduciaires pour leur activité exercée en vertu d'un contrat de fiducie qui exercent à titre habituel une activité professionnelle non salariée.
S'agissant des médecins généralistes remplaçants, ils sont assujettis à la CFE dès lors qu'ils exercent à titre habituel une activité professionnelle non salariée.

Selon l'article 1473 du Code général des impôts, la CFE est établie dans chaque commune où le redevable dispose de locaux ou de terrains, à raison de la valeur locative des biens passibles d'une taxe foncière utilisés pour l'exercice de la profession. L'application stricte de ces principes devrait conduire à imposer à la CFE les médecins généralistes remplaçants dans chaque commune où ils effectuent un remplacement, sur une quote-part de la valeur locative du cabinet du titulaire remplacé, explique la députée Delphine Batho.

Mais comme il en résulterait de multiples inconvénients - notamment pour les médecins eux-mêmes qui seraient contraints de déposer une déclaration dans chaque commune où ils auraient exercé leur activité, quelle qu'en soit la durée - la CFE due à raison des activités de remplacement est en fait établie au lieu du principal établissement mentionné par les intéressés sur leur déclaration de résultats, lorsqu'ils ne disposent pas de locaux ni de terrains, précise le ministère du Budget dans une réponse ministérielle du 17 mai 2011 (JOAN Q. n°94524).

En conséquence, les médecins généralistes remplaçants, qui ne disposent ni de locaux ni de terrains, sont imposés à la CFE au lieu du principal établissement qu'ils mentionnent sur leur déclaration de résultats, c'est-à-dire au lieu de leur domicile.

Leur base d'imposition est alors constituée d'une fraction de la valeur locative de leur domicile, estimée de manière forfaitaire, qui représente le local professionnel. En pratique, les médecins généralistes remplaçants sont, dans la plupart des cas, imposés sur la base d'imposition minimum prévue à l'article 1647 D du Code général des impôts.